Numerosos militares que intervinieron en el conflicto del Atlántico Sur fueron después reclamados por la justicia nacional y de otros países por delitos de lesa humanidad vinculados al terrorismo de Estado, como los casos del gobernador de las islas durante el control argentino, Mario Benjamín Menéndez, y los tenientes Antonio Pernías y Alfredo Astiz, entre otros.

El primero en intervenir en el conflicto fue el entonces teniente de navío Astiz, cuando el 24 de marzo, a la madrugada, desembarcó en las islas Georgias con la orden de proteger a los chatarreros argentinos que el Reino Unido amenazaba con desalojar por la fuerza.

Astiz, de 30 años y al mando de catorce comandos y buzos, participó de manera marginal en la recuperación de las Georgias del 3 de abril, que terminó con tres argentinos muertos, un helicóptero derribado y la corbeta Guerrico seriamente dañada.

El joven oficial de la Armada, que ya había participado del secuestro de las fundadoras de Madres de Plaza de Mayo, de las monjas francesas Alice Domon y Leónie Duquet, y había sido parte del grupo de tarea 3.3.2 de la Esma, entre otros delitos contra la humanidad, terminó rindiéndose a las fuerzas británicas el 26 de abril.

La comisión militar que analizó las responsabilidades en el conflicto del Atlántico Sur, cuyas conclusiones se conocen como informe Rattenbach, consideró, después de una minuciosa investigación y de recabar centenares de testimonios, que Astiz "rindió su tropa al enemigo, sin efectuar la debida resistencia".

En 1990, Astiz fue condenado en ausencia a prisión perpetua por la justicia francesa y ya no pudo salir del país, y recién en 2003, con la anulación de las leyes de Obediencia Debida y Punto Final, fue detenido y procesado por la justicia argentina.

Por una larga lista de crímenes contra la humanidad, Astiz fue condenado a dos prisiones perpetuas y permanece detenido actualmente en Marcos Paz a la espera de una tercera condena.

Pernías, en tanto, se desempeñó en Malvinas como jefe de operaciones del Batallón 5 de Infantería de Marina, cuando ya tenía una larga trayectoria como torturador en la Esma.

Como Astiz, Pernías era parte del grupo de tarea 3.3.2, y su nombre cobró notoriedad en 1985, durante el juicio a las Juntas militares, cuando fue denunciado como secuestrador y torturador.

Pernías tuvo una exitosa carrera militar hasta 2003, cuando se anularon las leyes de impunidad y fue juzgado por delitos de lesa humanidad cometidos en la Esma, incluidas violaciones a las detenidas.

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Actualmente, Pernías se encuentra detenido en el penal de Ezeiza, purgando su sentencia a prisión perpetua por los delitos cometidos.

Menéndez, gobernador militar en las Malvinas del 7 de abril al 14 de junio de 1982, fue procesado por la justicia en 2012 por delitos cometidos en el marco del "Operativo Independencia".

Entre los delitos imputados a la máxima autoridad en las islas durante la recuperación argentina figuraron la tortura, el homicidio y hasta los abusos sexuales en el despliegue que hicieron la Fuerza Aérea y el Ejército para "aniquilar la subversión" y que bautizaron "Operativo Independencia".

Menéndez no llegó a ser condenado porque falleció en 2015.

Además de estos casos paradigmáticos, muchos otros efectivos que cumplieron funciones en Malvinas fueron procesados por la justicia por crímenes de lesa humanidad y varios de ellos fueron condenados y permanecen detenidos.

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